木材出口程序相对繁琐、严谨，只有特许地开发公司有资格向政府申请木材出口许可。其程序是：农牧渔业部森林管理局局长根据洪森总理对公司特许地开发的批文及公司的申请，在实地审查了公司的开发计划落实情况后，向农牧渔业部部长呈递相关报告，请求批准公司的木材出口申请；农牧渔业部部长根据这份报告，向总理府分管副总理呈递相关请示报告；总理府副总理审查全部的文件资料，符合批准要件，以总理府文件发出批准函；公司凭总理府批准函分别向商业部、财经部、海关总局等相关部门申办出口所必须手续。

总理府的批准函明确规定了出口木材的种类（只要是特许土地上收集到的木材，已经依法纳税，其直径或厚度在25厘米以下）、形态、出口口岸及有效时间等。

目前柬埔寨有很多人声称自己可以办理木材出口事宜，其真实性大都值得怀疑。另外有一些人很肯定地声称柬埔寨木材不可以出口，这些人完全不懂特许地开发是怎样的一个项目，也完全搞不懂柬埔寨的木材出口程序。

由于办理出口手续的程序十分严谨，对公司的实际开发（与政府签订合同的履约程度）要求很高，一些公司不得不放弃出口计划。另外一些特许地开发公司则忽略木材收益，选择放弃木材资源的收集。还有的开发公司为了尽快获得收益，在缴纳资源税后对木材进行简单加工，以低廉的价格进行国内销售。

柬埔寨也有神通广大的人通过特殊渠道将木材出口，这毕竟不是合法交易，容易发生问题。2007年就有中国大陆人、香港人、台湾人因此而锒铛入狱或承受巨额经济损失。